Epilepsi ameliyatı, hastalardaki nöbetlerin ilaç tedavisi ile kontrol altına alınamadığı durumlarda tercih edilen tedavi yöntemidir. Cerrahi yöntem ile tedavi edilmek isteyen hastaların ya da ilaç tedavisine direnç gösterip sevk edilen hastaların öncelikle nöroloji uzmanı tarafından kontrol edilmesi gerekir. Hastanın böyle bir tedaviye uygun olması açısından bu gereklidir. Hastalarda cerrahi tedavinin uygulanması için bazı koşulların sağlanması gerekir.

Ameliyata karar verilmeden önce hastanın ilaç tedavisine direnç gösterdiği belirlenmelidir. Bu sebeple hastalar en az 2 yıl boyunca ilaç kullanmalı ve nöbetler kontrol altına alınamamalıdır. Antiepileptik ilaçların uygun olanları denenmeli, bunlar yeterli dozlarda ve türlerde kullanılmalıdır. İlaçlar nöbetlerin kontrol edilmesine kadar ya da yan etkilerin aşırı olmasına kadar kullanılmalıdır. Hastaların beyinden kaynaklanan damarsal sorunlarında, tümörlerin varlığında daha erken dönemde cerrahi yönteme geçilebilir. Bu hallerde erken davranmak, hasta ilaç tedavisine direnç gösterdiğinden, cerrahi yönden başarının yüksek olması söz konusudur. Nöbetlerin uzun zaman kontrol edilememesi, cerrahi yöntemin uygulanmasından sonra da nöbet kontrolünün önlenememesine ve psikososyal problemlere yol açacaktır.

Rezektif cerrahi: bu yöntemde epileptik odak ortadan kaldırılmaktadır. Bu yöntem nöbetlerin belli bir noktadan başlaması halinde uygulanmaktadır. İlaçlara direnç gösteren hastalarda, epileptik odağın saptanmasıyla bir değerlendirme yapılır. Bu odağın beynin zararsız bir yerinde olması, tek taraflı olması halinde ameliyata karar verilir. Bundaki amaç, ameliyattan sonra hastanın yaşam kalitesinin bozulmaması içindir. Yani odağın çıkarılması hastanın hareket yeteneğini, konuşma ve görme kabiliyetlerini engellememesi gerekir. Cerrahiden önce beyin cerrahisi, nöroloji, nöropsikoloji, radyoloji ve psikoloji uzmanlarından oluşan bir heyet buna karar verecektir. Tedavinin başarısı hastanın ve epilepsinin türüne, odağın yerine ve ameliyattan önce yapılacak tetkiklere bağlıdır. Hastalar ameliyattan sonra 1- yıl boyunca ilaç kullanmaktadır. Nöbetler kesildiğinde ilaçlar azaltılarak kesilir. Epilepsi odağının damar bozukluklarından, tümörlerden meydana gelmesi başarı oranını arttırmaktadır.

Fonksiyonel cerrahi (Palyatif cerrahi): bu yöntemde nöbetin yayılım yollarının kesilmesi ile yayılmasının önlenmesi, sıklıkların ve nöbet şiddetinin azaltılması amaçlanmaktadır. Rezektif yöntemin uygun olmadığı durumlarda tercih edilmektedir. İlaç tedavisine direnç göstermiş olan hastalarda, atonik tarzında yani ani düşme ataklarının yaşandığı nöbetlerde uygulanan bir yöntemdir.